O caso é o seguinte:

O senhor Fulano de Tal, em 1998 fez a doação de sua propriedade rural aos seus quatro filhos,

Em 2001, 2002 e 2003, teve com outra mulher mais três filhos.

Em 2004 veio a falecer.

Na partilha dos bens, como fica a situação da propriedade rural doada aos primeiros filhos em 1998 ?

Carlone, olá: Por primeiro, é preciso saber se a doação feita em 1998 a foi pura e simples, livre de colação, ou se feita em adiantamento de legítima. Se feita em forma de adiantamento, os bens assim doados deverão integrar o inventário e a partilha dos bens deixados pelo "de cujus". Se feita pura e simples, livre de colação futura, os bens assim doados não integram os bens partilháveis. Boa Sorte.

Minha comadre casou no regime de separação legal de bens porque, na época, o marido acabara de completar 60 anos. Ele era separado e já tinha 2 filhos do outro casamento. Ela não tem filhos. Quando o seu marido vier a falecer sei que ela nãopode herdar uma herança que ele recebeu ( 1 mês após o casamento) da genitora falecida, ficando 50% para ela e 50% para os enteados.Mas, pode fazer um testamento deixando 50% de todos os seus bens (os que ele contituiu durante o casamento atual, claro) para a esposa? Se não, o que fazer, já que o desejo dele real é deixar esses 50% para ela?

Discordo do colega Amaro Dewes. A doação pura e simples corresponde uma espécie do gênero da doação que pode ser feita de forma pura e simples, com reserva de usufruto, ou com alguma restrição (casos de condição, termo ou encargo).
A primeira coisa que devemos observar é a data em que houve a doação do imóvel em questão, ou seja, no ano de 1998, onde tinha vigência o Código Civil de 1916. Todos os atos caminham no tempo e espaço, e por isso, devemos analisar a questão em voga sob a perspectiva do Código Civil de 1916.
Conforme prescreve o art. 1.171 do Código Civil de 1916 a doação dos pais aos filhos importa no adiantamento da legítima. No caso exposto pelo colega Dr. Carlone o que devemos observar é se na escritura de doação feita, constou algo relacionado àquele patrimônio estar ou não saindo da porção disponível que doador possui (pois se o bem doado, exceder a parte em que o doador, no momento de sua liberalidade, poderia dispor em testamento, está disposição será nula conforme art. 1.176 do CC/16), ou se não foi dito nada na escritura de doação em questão.
Finalmente, podemos concluir da seguinte forma: Se estiver contido dentro da escritura que a doação daquele imóvel está saindo da porção disponível do doador, aquele bem não deverá constar como adiantamento da legítima para os 4 primeiros filhos do Sr. Fulano de Tal. Caso não tenha nada inserido no corpo da doação, em relação à disposição ser ou não da porção disponível, deverá ser considerada como adiantamento de legítima na época em que for feito o inventário. Boa sorte.